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矯正治療は、通常は保険が適用できない自費治療です。健康保険は「疾病の治療」が対象であるため、審美的改善を主な目的とした矯正治療は対象外となるためです。
しかし、顎変形症や口唇口蓋裂など、下記の症状の場合、指定医療機関においては保険で矯正治療をおこなうことができます。

顎変形症　※外科手術の併用を必要とする場合

歯並びだけでなく、顎骨の大きさや形・位置等に問題があり、噛み合わせが悪い・顔に歪みがあるなどの症状となっているものを「顎変形症」といいます。下顎前突（受け口・反対咬合）や、上顎前突（出っ歯）、開咬などの症状となっている場合が多く、顎の外科手術と矯正治療を併用した治療がおこなわれることがほとんどです。
※顎変形症と診断されても、外科手術を併用せずに治療を受ける場合は保険が適用されません。

口唇口蓋裂

先天的に、口唇や軟口蓋に裂け目がある症状を「口唇口蓋裂」といいます。口唇や口蓋の外科的処置と併せて、歯列矯正治療が必要になります。

その他の保険が適用できる症状

• 第一・第二鰓弓症候群：生まれつきの顔面非対称で、左右の顎の成長速度が異なったり、耳の低形成などが主な症状。
• 鎖骨頭蓋異骨症：頭蓋骨と鎖骨の形成不全または欠如している症状。矯正歯科では主に多数の埋伏歯および過剰歯の治療。
• Crouzon症候群：頭蓋顔面異骨症のひとつで、上顎の劣成長がある。矯正歯科では上顎を前方に成長させるよう治療する。
• Treacher－Collins症候群：下顎顔面異骨症で、下顎の低形成が症状。矯正治療では下顎を前方に移動させる。
• Pierre-Robin症候群：下顎の発育不全。矯正治療ではかみ合わせを考慮しながら下顎を前方に移動させる。
• Down症候群：下顎前突になりやすいためそれらを改善治療。
• Bechwith-Wiedemann 症候群：過成長、巨舌、臍帯ヘルニアなど臓器肥大が主な症状。舌が大きいため、開咬や下顎前突になりやすい。
• Russel-Silver症候群：矯正歯科では上下顎骨が小さいこと、左右非対称の顔貌を改善。
• Turner症候群：顎が小さいことが症状のひとつ。上下顎の骨の成長を観察しながら、歯並びやかみ合わせを治療。
• 尖頭合指症：頭蓋骨が通常より早く癒合してしまう等が主な症状。矯正歯科では上顎骨の劣成長による受け口を治療。
• 顎変形症：極度の下顎前突や上下左右に顎がずれている症状。

上記の保険治療がおこなえるのは、指定医療機関となります。指定医療機関かどうかは、ホームページなどに記載されていますので、確認のうえ受診ください。

顎口腔機能診断施設

外科手術を必要とする顎変形症の矯正治療に保険が適用されます。 顎骨の手術を併用した矯正治療をおこなう際の、手術および術前術後矯正に保険が適用できます。
指定医療機関は、必要な検査をおこなえる機器を備えている、手術を担当する医療機関との連携体制が整備されている、などの条件を満たした医療機関が指定されています。

育成・更生医療指定機関

口唇・口蓋裂などの先天疾患の治療に健康保険が適用できます。また、自己負担分についても自治体から治療費の一部または全部の補助を受けることができます（補助額は所得により異なります）
指定医療機関は、育成更生医療をおこなうために必要な設備や体制、経験等の条件を満たした医療機関が指定されています。